Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.
Comment: Migrated to Confluence 4.0

Results for

...

PARC data set, treated samples  (18K probes and 480 samples)

Sage Coexpression, organic correlation algorithm

Sage Coexpression, WGCNA correlation algorithm

WGCNA Coexpression

Unix space:  76.0 GB

Unix space: 83.5 GB

Unix space:  51.6 GB

Unix time: 4:52:21

Unix time: 4:07:34

Unix time:  1:38:55

Image Added

(file lost due to I/O error)

Image Added

Module difference vs. this baseline (% of pairs for which the algorithm disagrees with this baseline on module co-membership):

 

30.9%

Module co-membership comparison (vs. this column as a baseline):

 

grey turquoise blue red green brown yellow black magenta purple pink greenyellow tan salmon cyan
  0  12115         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  1    725         0   23   0   182     0      0   109       0      0    0           0   0      0    0
  2    524         1  392   1     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  3    346       412   10   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  5    364       137    0   0     0     0    119     0       0      0    0           0   0      0    0
  4    353         0    1 205    77     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  6    287         1    0   0     0   163      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  7    186         0    0   0     0   156      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  9    138         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0  34      0    0
  8    138         0    0   0     0     0      0     0      82      0    0           0   0      0    0
  10    94         0    0   0     0     0      0     0       0      0   49           0   0      0    0
  12    83         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0          45   0      0    0
  11    55         0    0   0     0     0     78     0       0      0    0           0   0      0    0
  13    76         0    0   0     0     0      0     0       0      0   37           0   0      0    0
  18    60         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  20    55         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  14    47         0    0   0     0     0      0     0       0     53    0           0   0      0    0
  16    29         0    0   0     0     0     52     0       0      0    0           0   0      0    0
  15    49         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0   32
  17    30         0   39   0     0     0      1     0       0      0    0           0   0      0    0
  19    23         0    0   0     0     0     36     0       0      0    0           0   0      0    0
  21    20         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0     34    0
  22    33         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0

Image Added

<<< Sage dendrogram and modules, with WGCNA modules underneath, for comparison.


WGCNA dendrogram and modules, with Sage modules underneath, for comparison. >>>>

Image Added