Document toolboxDocument toolbox

Results - PARC treated samples

Owned by Bruce Hoff
Last updated: Jul 27, 2011Version comment
3 min read

Results for PARC data set, treated samples  (18K probes and 480 samples)

Sage Coexpression, organic correlation algorithm

Sage Coexpression, WGCNA correlation algorithm

WGCNA Coexpression

Unix space:  76.0 GB

Unix space: 83.5 GB

Unix space:  51.6 GB

Unix time: 4:52:21

Unix time: 4:07:34

Unix time:  1:38:55


(file lost due to I/O error)


Module difference vs. this baseline (% of pairs for which the algorithm disagrees with this baseline on module co-membership):

 

30.9%

Module co-membership comparison (vs. this column as a baseline):

 

grey turquoise blue red green brown yellow black magenta purple pink greenyellow tan salmon cyan
  0  12115         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  1    725         0   23   0   182     0      0   109       0      0    0           0   0      0    0
  2    524         1  392   1     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  3    346       412   10   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  5    364       137    0   0     0     0    119     0       0      0    0           0   0      0    0
  4    353         0    1 205    77     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  6    287         1    0   0     0   163      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  7    186         0    0   0     0   156      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  9    138         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0  34      0    0
  8    138         0    0   0     0     0      0     0      82      0    0           0   0      0    0
  10    94         0    0   0     0     0      0     0       0      0   49           0   0      0    0
  12    83         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0          45   0      0    0
  11    55         0    0   0     0     0     78     0       0      0    0           0   0      0    0
  13    76         0    0   0     0     0      0     0       0      0   37           0   0      0    0
  18    60         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  20    55         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0
  14    47         0    0   0     0     0      0     0       0     53    0           0   0      0    0
  16    29         0    0   0     0     0     52     0       0      0    0           0   0      0    0
  15    49         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0   32
  17    30         0   39   0     0     0      1     0       0      0    0           0   0      0    0
  19    23         0    0   0     0     0     36     0       0      0    0           0   0      0    0
  21    20         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0     34    0
  22    33         0    0   0     0     0      0     0       0      0    0           0   0      0    0


<<< Sage dendrogram and modules, with WGCNA modules underneath, for comparison.


WGCNA dendrogram and modules, with Sage modules underneath, for comparison. >>>>