Skip to end of banner
Go to start of banner

Results -- 3600 probe tutorial data set

Skip to end of metadata
Go to start of metadata

You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 15 Next »

Results for WGCNA 'female liver' tutorial data set, having 3600 probes and 135 samples

Sage Coexpression, organic correlation algorithm

Sage Coexpression, WGCNA correlation algorithm

WGCNA Coexpression

Unix space ('M' field from /usr/bin/time): 6471520KB (or 6.47GB)

Unix space ('M' field from /usr/bin/time):: 6474832K (6.47GB)

Unix space ('M' field from /usr/bin/time):: 1958480KB (1.96GB)

Unix time('E' field from /usr/bin/time): 14:04.38elapsed

Unix time('E' field from /usr/bin/time):13:33.74elapsed

Unix time('E' field from /usr/bin/time):2:07.23elapsed

Unix space #2: 6472128 (6.47GB)

Unix space #2: 6090192 (6.1GB)

Unix space #2: 1922800 (1.9GB)

Unix time #2: 11:36.09elapsed

Unix time #2: 10:58.03elapsed

Unix time #2: 1:28.53elapsed




Module difference vs. this baseline (% of pairs for which the algorithm disagrees with this baseline on module co-membership):

0

7.4%

Module co-membership comparison (vs. this column as a baseline):

turquoise blue brown yellow green red grey black pink magenta purple greenyellow tan salmon cyan midnightblue lightcyan
  turquoise          581    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  blue                 0  488     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  brown                0    0   459      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  yellow               0    0     0    425     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  green                0    0     0      0   389   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  red                  0    0     0      0     0 363    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  grey                 0    0     0      0     0   0  200     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  black                0    0     0      0     0   0    0   122    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  pink                 0    0     0      0     0   0    0     0  120       0      0           0   0      0    0            0         0
  magenta              0    0     0      0     0   0    0     0    0      99      0           0   0      0    0            0         0
  purple               0    0     0      0     0   0    0     0    0       0     87           0   0      0    0            0         0
  greenyellow          0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0          78   0      0    0            0         0
  tan                  0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0  43      0    0            0         0
  salmon               0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0     40    0            0         0
  cyan                 0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0   37            0         0
  midnightblue         0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0           35         0
  lightcyan            0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0        34

yellow brown blue green turquoise red black pink magenta grey greenyellow purple tan salmon cyan lightcyan midnightblue
  2     403    11    0     0         0  15     0    0       0   25           0      0   0      0    0         0            0
  3      11   357    0     0         1   6     0    0       0   24           0      0   0      0    0         0            4
  1       1     4  352     1         2 130     0    4       0   16           1     61   0      1    0         0           19
  4       4     6    0   302         0   0     0    0       0    6           0      0   0      0    0         0            1
  5       1     0    2     0       298   1     0    0       0    6           0      3   0      0    0         0            0
  8       0     4    0     0       195   2     0    0       0    2           0      0   0      0    0         0            0
  6       4     3  132    39         5  10     0    0       0   13           0      7   1      0    0         0            0
  9       0     1    0     0         0   0   122    0       0    0           0      0   0      0    0         0            0
  7       0    67    1     2         1   2     0  115       0    9           0      0   0      0    0         0            8
  12      0     0    0     0         0   0     0    0      99    1           0      0   0      0    0         0            0
  11      0     0    0     0         0  99     0    0       0    3           0      1   0      0    0         0            0
  10      0     0    1     3         2  96     0    0       0   10           0      1   0      0    0         0            1
  0       0     0    0     0         0   0     0    0       0   80           0     14  41      0    0         0            1
  15      0     0    0     0         0   0     0    0       0    0          77      0   0      0    0         0            0
  14      1     0    0     0        77   0     0    0       0    2           0      0   0      0    0         0            0
  13      0     6    0    42         0   2     0    1       0    0           0      0   0     39    0         0            1
  16      0     0    0     0         0   0     0    0       0    3           0      0   1      0   37         0            0
  17      0     0    0     0         0   0     0    0       0    0           0      0   0      0    0        34            0


<<< Sage dendrogram and modules, with WGCNA modules underneath, for comparison.


WGCNA dendrogram and modules, with Sage modules underneath, for comparison. >>>>


TOM Comparison

We captured the TOM matrices from the Sage and WGCNA algorithms.  The values are the same (except for some small differences which look like rounding/accuracy differences) as illustrated in this scatter plot:

The TOM values are the inputs to the clustering algorithms.  The dendrograms appear nearly identical above, therefore it seems the differences between the two algorithms are in the module determination from the dendrograms.

  • No labels