Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.
Comment: Migrated to Confluence 4.0

Results for

...

PARC data set, all samples  (18K probes and 960 samples)

Sage Coexpression, organic correlation algorithm

Sage Coexpression, WGCNA correlation algorithm

WGCNA Coexpression

Unix space:  83.9 GB

Unix space:84.6 GB

Unix space: 51.6 GB

Unix time:  5h:55m:16s

Unix time: 4h:25m:27s

Unix time: 1h:38m:55s

Image Added

Image Added

Image Added

Module difference vs. this baseline (% of pairs for which the algorithm disagrees with this baseline on module co-membership):

 

20.9%

Module co-membership comparison (vs. this column as a baseline):

 

grey brown turquoise yellow blue green red black pink magenta purple greenyellow
  0  14931     0         0      0    0     0   0     0    0       0      0           0
  1    694     0        77      0  113     1   0   102    0       0      0           0
  2    374     0         0      0   79     0 103     1    0       0      0           0
  3    296     0       175      0    0     0   0     0    0       0      0           0
  4    169   194         0      0    0     0   0     0    0       0      0           0
  5    178     0         0    118    0     0   0     0    0       0      0           0
  6    127     0         0      0    5   108   0     0    0       0      0           0
  7    105     0         0      0    0     0   0     0    0       0     44           0
  9     71     0         0      0    0     0   0     0    0       0      0           0
  11    66     0         0      0    0     0   0     0    0       0      0           0
  8     40     0         0      0    0     0   0     0   52       0      0           0
  12    51     0         0      0    0     0   0     0    0       0      0           0
  10    23     0         0      0    0     0   0     0    0      46      0           0
  13    12     0         0      0    0     0   0     0    0       0      0          36

Image Added

<<< Sage dendrogram and modules, with WGCNA modules underneath, for comparison.


WGCNA dendrogram and modules, with Sage modules underneath, for comparison. >>>>

Image Added