Versions Compared

Old Version 18

changes.mady.by.user Bruce Hoff

Saved on

compared with

New Version 19

changes.mady.by.user Bruce Hoff

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

NOT P450
  grey         966    5
  turquoise    682    2
  blue         621    0
  brown        591   11
  yellow       349    3
  green        244   28
  red          231    0
  black        208    0
  pink         164    0
  magenta      148    0
  purple       101    3
  greenyellow   89    0
  tan           80    0
  salmon        59    0
  cyan          56    0
  midnightblue  55    0
  lightcyan     45    0
  lightgreen    44    0
  grey60        44    0
  lightyellow   39    0
  coral         38    0
  sienna        34    2
  peru          34    0
  gold          34    2

i.e. 28 are grouped together.  The rest are scattered across modules.



PARC

Modules

Unequal beta, module diff=4.7%

identical beta, module diff=?

grey turquoise brown blue yellow red green black magenta purple greenyellow pink
  grey        16718         4     0    1      4   1     6     8       1      1           0   17
  blue           47       226     0    0      0   0     0     0       0      0           0    0
  brown          16         0   194    0      0   0     0     0       0      0           0    0
  turquoise      80         0     0  185      0   0     3    51       0      0           0    0
  yellow         25         0     0    0    114   0     0     0       0      0           0    0
  green          26         0     0    5      0 102     0     0       0      0           0    0
  red            19         0     0    2      0   0   100     0       0      0           0    0
  pink           68         0     0    0      0   0     0     0       0      0           0    0
  magenta        11         0     0    0      0   0     0     0      45      0           0    0
  black          45        22     0    4      0   0     0    44       0      0           0    0
  purple          6         0     0    0      0   0     0     0       0     43           0    0
  salmon         36         0     0    0      0   0     0     0       0      0           0    0
  greenyellow     6         0     0    0      0   0     0     0       0      0          36    0
  tan             2         0     0    0      0   0     0     0       0      0           0   35
  cyan           32         0     0    0      0   0     0     0       0      0           0    0

 

Methylation (full set)

Soft Threshold Choice

Cut

p-value

Adj R^2

Truncated Adj R^2

slope

mean(k)

median(k)

max(k)

Power

SFT.R.sq

slope

truncated.R.sq

mean.k.

median.k.

max.k.

1

-1

-0.00512

-0.0562

0.247

2120

2230

3640

1

0.039759972

0.169460948

-0.042121587

7249.755797

7583.706845

12508.45604

1.5

-1

0.0167

0.413

-0.215

1410

1350

2880

1.5

0.140389955

-0.269553255

0.59303507

4828.992487

4542.145536

10029.03836

2

-1

0.184

0.688

-0.366

1020

845

2400

2

0.276562808

-0.390168503

0.631322022

3491.738926

2824.215768

8386.544599

2.5

-1

0.257

0.645

-0.414

778

541

2040

2.5

0.362446542

-0.458433391

0.523661313

2655.348672

1808.299631

7173.887246

3

-1

0.323

0.563

-0.453

611

356

1760

3

0.42871745

-0.515750913

0.431061197

2086.334341

1176.893287

6223.960796

3.5

-1

0.386

0.51

-0.49

491

238

1540

3.5

0.46604534

-0.560354757

0.369873339

1676.348853

781.2514422

5452.12826

4

-1

0.451

0.509

-0.516

401

160

1350

4

0.493523645

-0.60630005

0.358279952

1368.885142

527.8374153

4809.805129

4.5

-1

0.504

0.513

-0.545

331

112

1190

4.5

0.51122219

-0.643452727

0.371756376

1131.587843

368.4541959

4266.321824

5

-1

0.542

0.521

-0.577

276

81

1050

5

0.522934331

-0.681405777

0.399981701

944.5030783

259.4558865

3800.880221

5.5

-1

0.571

0.536

-0.608

232

57.9

939

5.5

0.532765178

-0.72250099

0.440336737

794.5816675

186.1875426

3398.594443

6

-1

0.588

0.556

-0.636

196

42.3

838

6

0.543038666

-0.754901305

0.481364519

672.8857753

135.1591844

3048.3654

6.5

-1

0.612

0.591

-0.664

167

30.8

750

6.5

0.546592526

-0.787367292

0.521630192

573.065346

99.6082135

2741.653967

7

-1

0.635

0.628

-0.688

143

23

673

7

0.546688103

-0.824100826

0.556997344

490.4753338

72.92787987

2471.728523

7.5

-1

0.634

0.646

-0.724

123

17.1

606

7.5

0.540586249

-0.867631489

0.58655908

421.6371568

54.2456294

2233.179306

8

-1

0.652

0.682

-0.744

106

12.7

547

8

0.548418618

-0.896985225

0.619099353

363.8954176

40.26400042

2021.591247

8.5

-1

0.646

0.691

-0.776

91.5

9.69

494

8.5

0.564768173

-0.919427493

0.659981637

315.1907849

30.24453177

1833.315466

9

-1

0.65

0.714

-0.803

79.5

7.35

448

9

0.571866178

-0.945524396

0.689291949

273.9048972

22.6602808

1665.30474

9.5

-1

0.633

0.716

-0.84

69.2

5.47

406

9.5

0.573099177

-0.977455448

0.712350288

238.7515604

17.41343565

1514.991934

10

-1

0.625

0.727

-0.867

60.5

4.25

369

10

0.578839688

-1.000683008

0.734565322

208.6986492

13.25463367

1380.198191

10.5

-1

0.626

0.742

-0.893

53

3.29

336

10.5

0.588455603

-1.026903911

0.755386914

182.9109323

10.10196054

1259.062284

11

-1

0.643

0.769

-0.905

46.5

2.61

306

11

0.597054452

-1.052133963

0.775670911

160.707503

7.788443435

1149.985372

11.5

-1

0.657

0.79

-0.926

40.9

2.05

279

11.5

0.608963051

-1.071230234

0.793960474

141.5296132

6.067481982

1051.587206

12

-1

0.669

0.809

-0.941

36.1

1.57

255

12

0.605496603

-1.104019616

0.800156429

124.9160557

4.734398295

962.6709874

Modules

Unequal beta, module diff=14%

Identical beta, module diff=0.2%

turquoise grey blue brown yellow green red pink magenta black purple
  turquoise     13693    0    0     1     14     0   0    0       0     0      0
  grey           1302 8623  757   459    304   116 106   11      40    39     32
  blue             42    2 1139     1      2     0   0    0       0     0      0
  brown             1    0    0     0      0   277   0    0       0     0      0
  green           180    2    0     0      3     0   0    0       0     0      0
  yellow           45    0    0    73    100     0   0    0       0     0      0
  red              28    0    0    85      3     0   0    0       0     0      0
  black             8    0    0     0      0     0   0   51       0     0      0
  pink              0    0    0     0      0     0   0    0       0    39      0

       turquoise grey blue brown yellow green red black pink magenta purple
  turquoise       15263    0    0     0     17     0   0     0    0       0      0
  grey                1 8619    2     4      0     0   0     0    0       0      1
  blue                0    0 1894     1      1     0   0     0    0       0      0
  brown               1    6    0   532      4     0   0     0    0       0      0
  yellow             34    1    0     2    404     0   0     0    0       0      0
  green               0    0    0     0      0   393   0     0    0       0      0
  red                 0    1    0     0      0     0 106     0    0       0      0
  black               0    0    0    80      0     0   0     0    0       0      0
  pink                0    0    0     0      0     0   0    78    0       0      0
  magenta             0    0    0     0      0     0   0     0   62       0      0
  purple              0    0    0     0      0     0   0     0    0      40      0
  greenyellow         0    0    0     0      0     0   0     0    0       0     31