Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Module membership of P450 genes in the published Research Genetics paperpublished Genome Research paper (as gathered from the supplemental materials):

NOT P450
  grey      2005    9
  turquoise 1314   47
  blue       617    0
  brown      451    0
  yellow     192    0
  green      106    0
  red         75    0
  black       71    0
  pink        70    0
  magenta     55    0
i.e. 47/56 are grouped into a single module and the remaining 6 are in no module.

...

There is 39% difference.  Checking the P450 genes:

NOT P450
  grey      3580   23
  turquoise  697   33
  blue       261    0
  brown      136    0
  yellow     100    0
  green       88    0
  red         51    0
  black       43    0

...

Unequal beta, module diff=14%

Identical beta, module diff=0.2%

       turquoise grey blue brown yellow green red pink magenta black purple
  turquoise     13693    0    0     1     14     0   0    0       0     0      0
  grey           1302 8623  757   459    304   116 106   11      40    39     32
  blue             42    2 1139     1      2     0   0    0       0     0      0
  brown             1    0    0     0      0   277   0    0       0     0      0
  green           180    2    0     0      3     0   0    0       0     0      0
  yellow           45    0    0    73    100     0   0    0       0     0      0
  red              28    0    0    85      3     0   0    0       0     0      0
  black             8    0    0     0      0     0   0   51       0     0      0
  pink              0    0    0     0      0     0   0    0       0    39      0

             turquoise grey blue brown yellow green red black pink magenta purple
  turquoise       15263    0    0     0     17     0   0     0    0       0      0
  grey                1 8619    2     4      0     0   0     0    0       0      1
  blue                0    0 1894     1      1     0   0     0    0       0      0
  brown               1    6    0   532      4     0   0     0    0       0      0
  yellow             34    1    0     2    404     0   0     0    0       0      0
  green               0    0    0     0      0   393   0     0    0       0      0
  red                 0    1    0     0      0     0 106     0    0       0      0
  black               0    0    0    80      0     0   0     0    0       0      0
  pink                0    0    0     0      0     0   0    78    0       0      0
  magenta             0    0    0     0      0     0   0     0   62       0      0
  purple              0    0    0     0      0     0   0     0    0      40      0
  greenyellow         0    0    0     0      0     0   0     0    0       0     31