Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Sage Coexpression, organic correlation algorithm

Sage Coexpression, WGCNA correlation algorithm

WGCNA Coexpression

Unix space ('M' field from /usr/bin/time): 6471520KB (or 6.47GB)

Unix space ('M' field from /usr/bin/time):: 6474832K (6.47GB)

Unix space ('M' field from /usr/bin/time):: 1958480KB (1.96GB)

Unix time('E' field from /usr/bin/time): 14:04.38elapsed

Unix time('E' field from /usr/bin/time):13:33.74elapsed

Unix time('E' field from /usr/bin/time):2:07.23elapsed

Unix space #2: 6472128 (6.47GB)

Unix space #2: 6090192 (6.1GB)

Unix space #2: 1922800 (1.9GB)

Unix time #2: 11:36.09elapsed

Unix time #2: 10:58.03elapsed

Unix time #2: 1:28.53elapsed




Module difference vs. this baseline (% of pairs for which the algorithm disagrees with this baseline on module co-membership):

0

7.4%

Module co-membership comparison (vs. this column as a baseline):

turquoise blue brown yellow green red grey black pink magenta purple greenyellow tan salmon cyan midnightblue lightcyan
  turquoise          581    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  blue                 0  488     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  brown                0    0   459      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  yellow               0    0     0    425     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  green                0    0     0      0   389   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  red                  0    0     0      0     0 363    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  grey                 0    0     0      0     0   0  200     0    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  black                0    0     0      0     0   0    0   122    0       0      0           0   0      0    0            0         0
  pink                 0    0     0      0     0   0    0     0  120       0      0           0   0      0    0            0         0
  magenta              0    0     0      0     0   0    0     0    0      99      0           0   0      0    0            0         0
  purple               0    0     0      0     0   0    0     0    0       0     87           0   0      0    0            0         0
  greenyellow          0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0          78   0      0    0            0         0
  tan                  0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0  43      0    0            0         0
  salmon               0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0     40    0            0         0
  cyan                 0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0   37            0         0
  midnightblue         0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0           35         0
  lightcyan            0    0     0      0     0   0    0     0    0       0      0           0   0      0    0            0        34

yellow brown blue green turquoise red black pink magenta grey greenyellow purple tan salmon cyan lightcyan midnightblue
  2     403    11    0     0         0  15     0    0       0   25           0      0   0      0    0         0            0
  3      11   357    0     0         1   6     0    0       0   24           0      0   0      0    0         0            4
  1       1     4  352     1         2 130     0    4       0   16           1     61   0      1    0         0           19
  4       4     6    0   302         0   0     0    0       0    6           0      0   0      0    0         0            1
  5       1     0    2     0       298   1     0    0       0    6           0      3   0      0    0         0            0
  8       0     4    0     0       195   2     0    0       0    2           0      0   0      0    0         0            0
  6       4     3  132    39         5  10     0    0       0   13           0      7   1      0    0         0            0
  9       0     1    0     0         0   0   122    0       0    0           0      0   0      0    0         0            0
  7       0    67    1     2         1   2     0  115       0    9           0      0   0      0    0         0            8
  12      0     0    0     0         0   0     0    0      99    1           0      0   0      0    0         0            0
  11      0     0    0     0         0  99     0    0       0    3           0      1   0      0    0         0            0
  10      0     0    1     3         2  96     0    0       0   10           0      1   0      0    0         0            1
  0       0     0    0     0         0   0     0    0       0   80           0     14  41      0    0         0            1
  15      0     0    0     0         0   0     0    0       0    0          77      0   0      0    0         0            0
  14      1     0    0     0        77   0     0    0       0    2           0      0   0      0    0         0            0
  13      0     6    0    42         0   2     0    1       0    0           0      0   0     39    0         0            1
  16      0     0    0     0         0   0     0    0       0    3           0      0   1      0   37         0            0
  17      0     0    0     0         0   0     0    0       0    0           0      0   0      0    0        34            0

Image RemovedImage Added

<<< Sage dendrogram and modules, with WGCNA modules underneath, for comparison.


WGCNA dendrogram and modules, with Sage modules underneath, for comparison. >>>>

Image RemovedImage Added