Results - PARC control samples

Results - PARC control samples

Results for PARC data set, control samples  (18K probes and 480 samples)

Sage Coexpression, organic correlation algorithm

Sage Coexpression, WGCNA correlation algorithm

WGCNA Coexpression

Sage Coexpression, organic correlation algorithm

Sage Coexpression, WGCNA correlation algorithm

WGCNA Coexpression

Unix space:  75.8

Unix space: 83.8 GB

Unix space: 46.8 GB

Unix time:  4:53:15

Unix time: 4:05:44

Unix time: 1:32:55

(file lost due to I/O Error)

Module difference vs. this baseline (% of pairs for which the algorithm disagrees with this baseline on module co-membership):

 

25.2%

Module co-membership comparison (vs. this column as a baseline):

 

grey blue turquoise brown yellow green red black pink
  0  13941    0         0     0      0     0   0     0    0
  1    558    0       112   133      0     0   0     0    0
  2    524    4         0   204      0     0   0     0    0
  3    308  258         0     1      0     0   0     0    0
  4    300   38        85     0      0    35   0     0    0
  5    116    0       242     0      0     0   0     0    0
  6    194    0         7     2    135     0   0     0    0
  8    173    0         0     0      0     0  70     0    0
  7    138    0         0     0      0   118   0     0    0
  9    133    0         0     0      0     0   0     0   38
  10    66    0         0     0     80     0   0     0    0
  11    58   72         1     0      0     0   0     0    0
  13    60    0         0     0      0     0   0     0    0
  12    58    0         0     0      0     0   0    46    0
  14    52    0         0     0      0     0   0     0    0
  15    31    0         0     0      0     0   0     0    0

<<< Sage dendrogram and modules, with WGCNA modules underneath, for comparison.


WGCNA dendrogram and modules, with Sage modules underneath, for comparison. >>>>